日本生態農業概念的提出始于20世紀70年代，而生態農業發展經歷了強調農產品(加工品)質量安全、農業生態環境質量保全，到實現可持續發展的過程。

　　由于日本本國農業資源有限，因此日本的生態農業的形式往往因地制宜、多種多樣。主要有：第一，再生利用型。即通過充分利用土地的有機資源，對農業廢棄物進行再生利用，減輕環境負荷。如，將家畜糞便經堆放發酵后就地還田作為肥料使用，將污水經處理后得到的再生水用于農業灌溉等，這都是充分利用農業再生資源的措施；

　　第二，有機農業型。即在生產中不采用通過基因工程獲得的生物及其產物，不使用化學合成的農藥、化肥、生長調節劑、飼料添加劑等物質，而遵循自然規律和生態學原理，協調種植業和養殖業的平衡，采用一系列可持續發展的農業技術，維持農業生產過程的持續穩定。其主要措施有:選用抗性作物品種，利用秸稈還田、施用綠肥和動物糞便等措施培肥土壤，保持養分循環;采取物理和生物的措施防治病蟲草害;采用合理的耕種措施保護環境，防止水土流失，保持生產體系及周圍環境的基因多樣性；

　　第三，稻作--畜產--水產三位一體型。即在水田種植稻米、養鴨、養魚和繁殖固氮藍藻的同時，形成稻作、畜產和水產的水田生態循環可持續發展模式。這種模式的做法是在種植水稻的早期開始養鴨，禾苗長大后，田中出現的昆蟲、雜草等為鴨提供飼料，鴨的糞便作禾苗的肥料，又可為水田中的紅線蟲、蚯蚓、水蚤及浮游生物提供食物來源，同時又給魚等提供餌料，從而實現生態循環。這種生態農業技術已在日本農村推廣和普及，該技術所產生的綜合效益亦被眾多水稻種植農戶所認可；

　　第四，畜禽--稻作--沼氣型。即農民在養鴨、牛等家畜過程中，將動物的糞便作為供制造沼氣的原料。同時，農作物的秸稈經過加工用來作家養畜禽的飼料，或作為沼氣的原料，沼氣又可為大棚作物提供熱源等。這樣，經過能量轉換實現生態的均衡，并且生產的農作物比較環保，又能實現經濟效益。

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